第二次和谈的代表仍旧是沈惟敬，沈惟敬进入汉城见到了宇喜多秀家，监军石田三成等人，最后达成的条件是日军撤出汉城，保留一部分军队在釜山，明朝派使臣去日本谈判。
明朝派往日本的使臣是经略宋应昌下面的两个文官，谢用梓和徐一贯，外加游击沈惟敬，一共三人。万历二十一年（1593年）五月十五日，日本名护屋码头上锣鼓齐鸣、弦乐震天，日本的乐队奏起了中土音乐欢迎大明使臣。自朱元璋时代派遣使臣来日本，明朝已经有两百多年没有派遣使臣过来，听说有来自中土的使臣，各地的老百姓争先涌向码头一睹中土使臣的风采。明使们举着“钦命”的牌子，敲着锣鼓登上了日本国土，谢用梓、徐一贯、沈惟敬看着这热闹的场面，仿佛置身于中土。一路上都是欢迎的人群，穿着汉服的日本女人跳起了汉舞。接下来，西南部的各大名轮流宴请明国使臣，但谢用梓、徐一贯明显对这一切并不感兴趣。
五月二十三日谈判正式开始，双方围绕着日军彻底从朝鲜撤军问题扯了一通皮，随着双方的谈判陷入僵持，日军却在悄悄酝酿一起大屠杀。此时在朝日军都集结在釜山，晋州城位于釜山西面，里面有各地云集在这里的六万百姓，以及八千朝鲜军队。为了解除来自晋州方面的威胁，以及逼迫在日本的明朝使节尽快结束谈判，在朝的日军高层决定对晋州发动攻击。消息传来，明朝联军各方纷纷请战，而李如松显然对这一切并不感兴趣，此时刘铤带着他的五千川军已经来到朝鲜，刘铤对李如松破口大骂。
六月份加藤清正带着九万大军向晋州挺进，刘铤带着川军向晋州进发，半路上被日军一阵截杀，刘铤退了回去。六月二十九日，经过全城军民七日的殊死防守，晋州城破，八千朝鲜士兵和六万百姓全部殉国。消息传来，中、朝、日三国一片哗然，弹劾李如松的奏章顿时堆积如山，万历皇帝一概留中。
明日双方在日本的谈判仍旧继续在进行，日方谈判使节宗义智提了七项条款：第一，大明将一名公主嫁给天皇陛下；第二，开放贸易，允许日本商人在大明沿海城市通商、居住；第三，两国交换和平友好的誓书；第四，朝鲜南部四道划归日本，北方四道返还朝鲜；第五，大军撤退之日，朝鲜应派大臣前往日本作为人质；第六，日本送还朝鲜被俘的两位王子；第七，朝鲜向日本递交永远臣服的誓书。
可以说这七项条款根本就是天方夜谭，古代东方只奉行以中国皇帝为中心的朝贡体系，日本的天皇并不具备法理性，属于自娱自乐。明代的公主也只嫁平民，从不嫁外藩。宗义智提出的这七项条款谢用梓、徐一贯自然无法接受，最后达成的条件是日本方面派一使臣去明国，再跟明朝就细节方面进行敲定。
就这样，谢用梓、徐一贯、沈惟敬带着小西行长的门人内藤如安回到了朝鲜。在李如松的一再斥责下，丰臣秀吉于八月份撤了五万人马回国，剩下的继续驻扎在釜山。看看形势稳定了，李如松便准备回国，他让刘铤带一万人马驻扎在汉城、大邱，监视釜山的日军。
眼看形势稳定了，朝鲜的党争又开始，而且由于各地义军做大，朝鲜国王李昖担心威胁到自己的地位，便开始对义军进行裁撤，并对一些义军首领进行迫害。水军指挥李舜臣因为不听指挥，加之声望太高，也被宣宗下狱。
除了政治斗争和政治迫害外，朝鲜军队在大邱一线修筑长城，抵挡日军的攻击，四方军士也在按照骆尚志留下的《纪效新书》操练中。
万历二十二年（1594年）四月份日军只留下五千军队驻扎在釜山，其他军队都撤回国内。眼见大批日军回国，刘铤也留下二千军队驻扎大邱，自己带着剩下的军队和一千多名投降的日军回到国内。
十月份，在朝鲜呆上一年多的内藤如安终于获准前往明国谈判，因为贵州的形势已经被带上了战争的发动机，贵州巡抚派去讨伐杨应龙的三千军队全军覆没，杨应龙次子也被官府处死在狱中。为了尽快解决朝鲜问题，好腾出手应对播州问题，万历传旨内藤如安来京谈判。
内藤如安一行渡过鸭绿江，穿越辽东，跨过山海关抵达京师。第一次来到中土的内藤如安心情复杂，他努力的在这片土地上寻找着“唐”的感觉，很明显他找不到这种感觉。大唐文化只存在于日本，它早已经淹没在华夏的历史变迁之中。当他骑着马进入京城的时候，没有欢迎的人群，没有迎接的官员，他自己寻到了礼部，礼部官员将他安排在馆驿。后来在沈惟敬的安排下，他见到了兵部尚书石星。
“你们提的几点要求都是无稽之谈，若想和谈贵国必须做到以下几点：一，贵国剩下的五千兵马必须限期撤出朝鲜，且贵国军队不允许在对马岛驻扎；二，封平秀吉为日本王，不许入贡；三，贵国必须立誓，永不侵犯朝鲜。”石星说道。
石星的一番话说的内藤如安有如天旋地转，16世纪的明帝国为天下共主，石星的口气不容置疑，在沈惟敬的斡旋下，内藤如安竟然答应了。万历二十三年（1595年）正月，大明钦封临淮侯李宗诚为册封使节，杨方亨为副使，带着印信、诏书、袍服前往日本册封丰臣秀吉为日本王。
册封一事是沈惟敬、内藤如安瞒着丰臣秀吉干的，如今明使已经抵达釜山，这可急坏了内藤如安，他连忙去找沈惟敬。这临淮侯李宗诚乃是一世袭的侯爵，没有经临过大场面，沈惟敬一番恐吓，竟然将其吓回去了。万历得知后勃然大怒，将李宗诚下狱，另派杨方亨为册封正使前往日本。
万历二十四年（1596年）九月，明使杨方亨一行抵达大阪，地震后的大阪修缮一新，到处张灯结彩。九月二日，五大老：德川家康、前田利家、宇喜多秀家、毛利辉元、小早川隆景；三中老：生驹正亲、堀尾吉晴、中村一氏；五奉行：浅野长政、石田三成、前田玄以、长束正家、增田长盛以及丰臣秀吉端坐在大厅内。
杨方亨、沈惟敬进去后，杨方亨等待丰臣秀吉行跪拜礼，只见丰臣秀吉仍坐在那里，杨方亨不禁皱了皱眉头。丰臣秀吉穿上大明亲赐的亲王式样的冠服在那里秀了一圈，众人齐声夸好，但是丰臣秀吉身材瘦小，穿上这袍子有些不伦不类。
一名懂汉语的僧人拿过诏书开始念了起来，当他念道了“兹特封尔为日本国王，赐之诰命”的时候，丰臣秀吉脸色铁青。他一把将诏书扯过来撕的粉碎，怒道：“我欲为日本王便为日本王，还用尔来封？”
万历二十四年的这场册封仪式就这样不欢而散，主导议和的兵部尚书石星被神宗下狱，整个朝鲜半岛上顿时阴云密布。
万历二十五年（1597年）春，朝鲜派使臣来大明请求发兵，万历皇帝调动了辽、蓟、陕、川、浙陆军和福建、吴淞水师共计七万五千人，南京兵部侍郎邢玠升南京兵部尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，前备倭总兵官提督同知麻贵为备倭总兵官提督，统率诸军，杨元、刘铤、李如梅为副总兵官，水师副总兵陈璘提调水军二万五千人分乘三百艘战舰从水路入朝参战。
六月底，明军长途奔袭至全罗、庆尚两道，总兵官麻贵率军一万七千抵达汉城，陈愚忠率骑兵三千进驻全州，杨元率辽东骑兵三千驻守南原，吴惟忠率浙兵四千进驻忠州，游击茅国器率河南步兵三千驻守星州。
与此同时，日本经过数年打造的六百艘战舰全歼朝鲜水军，朝鲜水军统帅元均、李亿祺战死，宣宗只好将李舜臣释放出来让他重组朝鲜水军。随着制海权被拿获，丰臣秀吉下达了全军登陆朝鲜的命令。此次登陆分东、西两军，总兵力十四万，陆军十一万，水军三万，丰臣秀吉和小早川隆景十五岁的养子小早川秀秋被任命为侵朝总司令。西路军以小西行长为先锋，宇喜多秀家为主将，兵力为四万九千人，沿宜宁、晋州一线进攻南原；东路军以加藤清正为先锋，主将毛利辉元，兵力为六万五千人，沿密阳、大邱一线进攻全州。此次日军采取务实策略，一路上稳扎稳打，只谋求对朝鲜南部两道的控制权。与此同时，日军对朝鲜南部两道的杀掠更甚了，作为战功的标志，日军将杀死人的鼻子割下来运回国内，至今日本还有埋藏朝鲜军民鼻子的鼻冢。
小西行长带着他的一万四千兵马和抢割的庄稼一路高歌猛进向南原城奔来，宇喜多秀家的后续部队还在开进中，而此时南原守军有三千明军和三千朝军，统率为杨元，最终南原六千守军将会面对五万日军的疯狂进攻。由于此时各部明军还没有到位，日军攻势又猛，麻贵也不敢调动其他地方的军队支援南原，所以只能由这六千士兵的血肉之躯抵挡日军的进攻以换取时间。
从八月十日开始一直到战斗到十六日，杨元带领少量士兵撤离，大部分士兵和将军阵亡。明军阵亡将领有方时辉、郑文图、李新芳、毛承先、蒋表；朝军阵亡将领有李福男、任铉、李春元、郑期远、闵浚、金敬老、申浩、吴応井、吴応鼎。南原会战是中朝双方战死将领最多的会战，此战也给日军造成较大伤亡，日军阵亡七千。南原会战后整个朝鲜人心动**，明军将领陈愚忠撤出全州，麻贵也开始劝说宣宗退到平壤。
九月，明军主帅杨镐来到汉城猛烈批评麻贵的逃跑政策，同时带来了邢玠手谕，将杨元、陈愚忠问斩。杨元、陈愚忠既死，朝鲜人心立刻安稳了下来。但打下南原的左路军小西行长并没有继续北进，而是调转头南下去扫**乡村了，虽然左路军南下，但右路军在加藤清正的率领下继续北上，其中黑田长政部更是直指稷山。在这种情况下，杨镐命令四位蒙古族将领解生、杨登山、摆赛、颇贵带领五千铁骑驰援稷山，稷山阻击战随即打响。
这是明日双方的第二场野战，明军的骑兵像砍瓜切菜一样对着日军一通猛砍，日军大败。经过南原保卫战和稷山阻击战，日军伤亡过重，加上后方需要巩固，日军开始由进攻转为防御。稷山阻击战也成为第二次朝鲜战争的转折点。
朝鲜水军李舜臣既已复出，便依托剩下的十三艘战船跟日本水军周旋。为了彻底消灭朝鲜水军，万历二十五年（1597年）九月十六日，日本水军统领藤堂高虎、加藤嘉明、胁坂安治率领一百三十艘战舰、两百艘运输舰自东向西直向鸣梁海峡扑来。
此时李舜臣的水师基地设在珍岛，若想捣毁珍岛必须穿越鸣梁海峡，而鸣梁海峡航道狭窄，峡底暗礁重生，多暗流、漩涡，一天之内四次潮起潮落，只有在涨潮的时候大船才能进去，在潮落之前必须退出来。
李舜臣利用十三艘船将日军的主力吸引进鸣梁海峡，几百艘船在狭窄的航道内打转，甚至相互开火，而朝鲜水军的十三艘战船抛下重锚，在海峡的西端成一字型排开对着日舰猛烈开火。很快峡内潮流转变方向，几百艘日舰被冲的七零八落，藤堂高虎急令全线撤退，李舜臣指挥着十三艘战船在后面边追边打，日本水军退出鸣梁海峡后不顾一切往东跑，一直撤到釜山，从此再也不敢西进。
十月份，随着各路明军陆续抵达朝鲜战场，各部明军开始返攻，日军纷纷后撤，一直撤到南部沿海筑倭城固守。小西行长部退守顺天，加藤清正部退守蔚山，黑田长政退守梁山，岛津义弘退守泗川，小早川秀秋和宇喜多秀家待在釜山。
十一月，兵部尚书邢玠带领一万兵马抵达汉城，众人在汉城商议下一步行动方略。日军的主基地还是在釜山，而蔚山是釜山的门户，若想拿下釜山必须先拿下蔚山，邢玠制定了夺取蔚山的作战计划。
万历二十五年（1597年）十二月，三万四千明军，一万二千朝军兵分三路在杨镐的率领下浩浩****向蔚山杀来。日军在蔚山新建了一座倭城，倭城建在高地上，里外三层，易守难攻，由加藤清正、浅野长政、毛利秀元率兵一万六千驻守。
战争从二十二日开始，一直打到万历二十六年（1598年）正月初四，日军打退了明军十几次的疯狂进攻，此时城内的日军已经虚弱到了极点。在蔚山倭城即将被攻破的前夕，小早川秀秋和宇喜多秀家的五万援军抵达了。
十五岁的小早川一直在外围控制着战局，在明军跟加藤清正战至筋疲力尽的时候他出手了。从这个意义上说，蔚山倭城不可能被攻破。很快，明朝联军的撤退演变成大溃逃，好在麻贵的三千骑兵果断出击保证了各部明军和朝军的有效撤退。
蔚山一役，明军战死七千，日军减员一万，其中战死六千，病死、饿死四千，明军在这场战斗中遭受到了重大挫折，朝鲜战事又进入相持阶段。在这场战斗中我们发现一个特点，虽然日军野战能力不强，但他们筑城防御能力却很优秀。他们的倭城通常建在靠近海边的高地上，一般内外三层，乘居高临下态势，越到里层越难攻下，而且不同的倭城之间互为联络、互相支援，此种情况给明军造成很大麻烦。主帅杨镐由于蔚山败绩，被召回国内。
在小早川秀秋的运作下，虽然日军赢得了蔚山战役，但丰臣秀吉却对小早川却忌惮起来了。自从秀吉的亲生儿子丰臣秀赖诞生后，丰臣秀吉就想将权位传给秀赖，所以他杀掉了养子丰臣秀次。如今养子小早川在朝鲜又崭露头角，加上小早川跟丰臣秀吉的正室有血缘关系，所以小早川对日后继位的秀赖是个威胁。在这种情况下，丰臣秀吉将小早川秀秋调离朝鲜战争，另派毛利辉元去朝鲜。
从万历二十六年二月起，大明的人员、装备、物资源源不断从辽东、北直隶、天津、山东沿水、陆两线运往朝鲜。六月，神宗调广东总兵童元镇去浙江，刘铤的一万川军二次来到朝鲜，七月副总兵陈璘率广东水师五千人，副将陈蚕、邓子龙率浙江水师八千人，外加琉球水军一百人，乘三百艘战舰从浙江出发。陈璘水师与李舜臣水师会师古今岛，随即封锁济州海峡，并派出战舰前往对马与釜山之间巡曳。
八月十八日，丰臣秀吉病逝于伏见城，临行前留下诗句：随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦。秀吉死后，德川家康和前田利家召开会议，商量从朝鲜撤军一事。但此时各路明军已经抵达朝鲜，陈璘、李舜臣的水师停靠在朝鲜的西南海岸。如果日军仓促撤军会被明军发现，所以，德川和利家的意思是朝鲜东岸的日军先去釜山集合，再等船回国，西海岸的日军等东部日军撤离后，再去巨济岛集结，候船回国。丰臣秀吉逝世的事情，日本方面严格封锁消息，只限在朝的极个别将领知道，日军仍然摆出一副要与明军决战的态势。
九月，各路大军云集朝鲜，明军的装备、粮草、物资、弹药已经补发完毕，此时聚集在朝鲜的水路明军已达七万，加上三万朝鲜军队，整个明朝联军已达十万人。在朝日军为六万人，其中水军一万人。兵部尚书邢玠坐镇汉城，拟分兵三路进攻日军据点，东路由麻贵率领二万明军和五千朝军进攻蔚山，中路由董一元率领二万明军，朝鲜都元帅权慄率朝鲜军一万进攻泗川的岛津义弘部，西路军由刘铤率领明军一万五千人，朝鲜五千人进攻顺天的小西行长部。
由于前次蔚山会战明军集中兵力攻击一点，导致明军丧失了空间机动性，被日军的援军合围，所以此次采取分兵的措施。
九月二十二日麻贵率大军二次抵达蔚山新倭城，此时倭城内的兵源已得到补充，城墙也经过修补，麻贵发起了几轮攻击也不得手，便将军队驻扎在外围，监视着蔚山倭城。
中路军的战况激烈，九月二十八日夜里，攻击泗川老城的战斗打响，很快老城被破，日军全部退到了海边的新倭城。九月三十日凌晨，明朝联军开始对泗川新城发动攻击，战斗一直进行到十月二日，明军依靠几门大将军炮将泗川新城轰塌，明军一片欢呼。正在这个时候其中一门炮发生炸膛事故，连带周围的炮弹全部被点燃，接连的爆炸声响个不停，明军被这突如其来的变故搞得不知所措。这时候，几千日军端着倭刀冲了出来，明军慌忙撤退，被杀者甚多。从蔚山会战和泗川攻击战可以看出，明军应对突发事件的能力很差，因为万历朝的军事组织已经跟国初不一样了，都是各地的私家兵拼凑在一起，各方语言都不通，更别说有效的协调。
东、中两路军都是无功而返，西路军的进击也不顺利。小西行长的顺天倭城也是里外三层，修的高且大，从九月二十一日开始一直到三十日，刘铤的军队一直在外围攻击。刘铤的川军成份较复杂，有苗兵、暹罗兵、天竺兵、得愣兵、缅兵，还有上次投降的一千多名日军，刘铤将他们编成倭兵营，而彭信古的军营中还有葡萄牙人卖到澳门的黑人，彭信古将这些黑人编成黑兵营，这些黑人精通火器制造。
十月一日，陈璘、李舜臣的水师抵达顺天海湾，战船也开始对顺天倭城进行了炮击。刘铤害怕陈璘抢功，让他不要多管闲事，陈璘生气的离开了。眼看其他两路明军都撤了回去，十月六日刘铤撤回了南原。
从这次的三方攻击可以看出，倭城实难拿下，三方都在自保，并不想做无畏的消耗，明军还是想让日军自行退去。明军的秋季攻势既然结束，在朝日军开始准备回国，蔚山倭城的日军趁麻贵回师庆州之际，大部分撤到了釜山，剩下的日军被得到消息的麻贵赶来斩杀掉。
十一月，釜山海边聚集了两万日本士兵，快要回国了，这些日本兵高兴的欢呼、跳跃、拥抱，德川家康派来接人的大船已经在夜色中徐徐驶来。与此同时，由于顺天外海被联军的水师封锁，小西行长无法撤退，便向泗川的岛津义弘求救。颇讲义气的岛津义弘纠集一万五千兵马，分乘五百艘船通过露梁海峡前去救援行长。
万历二十六年（1598年）十一月十九日露梁海战开始，经过一整天的海战，日军大部分船只被击毁、击沉，岛津义弘、立花宗茂、宗义智带着几十艘船逃了回去，李舜臣、邓子龙战死。正当露梁海战激烈的时候，小西行长将自己的大部分士兵留在顺天倭城，自己带着少部分人逃了回去。而此时泗川倭城还有几百名不愿撤离的日军在坚守，城破后，这些士兵有的被杀，有的跳海自杀。
当刘铤二次来到顺天倭城的时候，虽然小西行长已经撤离，但城内还有数千日本士兵。刘铤的二次攻击仍然不顺利，此时结束露梁海战的联军水师开始登陆，帮着刘铤进攻顺天倭城。城破后，大约有数千日本士兵和日本劳工做了俘虏，大概明军将这些人就地处理掉了。
到了此刻，历史七年的朝鲜战争终于结束，整场朝鲜战争明军阵亡二万八千人，朝军阵亡五万人，日军阵亡八万人，另外，日军冻死、饿死、病死、投降者、逃跑者近两万人。
万历二十七年（1599年）四月，东征军在邢玠、麻贵的率领下开始回国，宣宗和朝鲜文武大臣还有百姓一直送明军到平壤，留在朝鲜的最后一万人马于万历二十八年八月返回国内。
东征军既回，神宗在午门举行授倭俘仪式，中官念完诏示后，将在押的六十一名日军俘虏押往西市斩首。
万历年间的这场战争是统一后的日本在自认为实力不错的情况下对海外的第二次试探，但由于一些技术上的原因最终以失败而告终，此后在德川幕府的影响下日本迎来了三百年的闭国期。为了不招惹那个庞然大物，他们拒绝跟外界的一切交往。但到了19世纪，在西方的坚船利炮，他们的大门被强行扣开，这才在明治天皇的努力下实行自上而下式的改革。迅速进入现代化的日本开始了对海外的第三次试探，虽然折腾了半个世纪，但最终还是以失败而告终。这也说明小国的崛起快，但衰落也快，相反，大国崛起慢，但衰落的也慢。无论是大秦帝国、大英帝国还是后来的日本，都能够依靠强势人物通过自上而下的变法而迅速强大起来，但当那个小国统一了中国后，任何的自上而下的变革统统归于失败，只有依靠底层民众进行自下而上的变革才能够推动历史前进，使帝国重新换取新生。
16世纪晚期的这场战争日本失败的原因是两方面的，一是没有强大的水军控制制海权来保证后勤的运输，二是在骑兵和火炮时代，日本的军事战备显得单调而落后，如果是跟草原上的对手硬碰，结果可能更糟糕。而这个时代的明朝早已经不是洪武、永乐那个时代，大约从宣德以后，明朝已经不敢跟草原上的那个对手硬碰硬，只能打墙防守，而万历年间对外藩的这场胜利只能看作疲弱王朝下的一种惯性辉煌。
除此之外，对于丰臣秀吉发动这场战争的原因，除了对外征服外，其背后也明显隐藏着深深的经济原因。跟也先、俺答、皇太极或者中英鸦片战争一样，丰臣秀吉也带有以战逼和，以战逼贸易的目的，但帝国物产丰饶、自给自足，它当然理解不了这些事情。无论如何，明帝国依靠这种惯性辉煌抵住了这次外来文明的干扰，继续坚持了它那顽固的闭关锁国梦想，但到了17世纪中期，或者19世纪中期，在这种惯性辉煌停止下来的时候，已经没有那么好的运气了。
86 播州战役——被逼反的700年世家
播州主要是指今天的贵州遵义，西汉的时候就开始设郡。唐乾符三年（876年），太原人杨端应诏带领谢、成、赵、娄、梁、令狐、犹、韦八大家族征讨南诏，平定南诏后，杨端奉命世代镇守播州。从那个时代起，一直到明万历年，杨氏家族代天牧守已历二十九世，700多年。
到了万历年间，这种世袭的土司制度竟然跟这个时代不合拍，一方面是汉人势力不断向西南山区扩张，另一方面是西南少民为了保持传统的生活方式和政权运行模式而加以抵制。在此种意义下，任何朝廷与土司之间的冲突都可以看作这种时代背景的映衬。
杨应龙是杨家第29代在播州的主政者，大明朝廷授予其播州宣慰使一职，杨应龙将有限的财力投入到播州本土的建设中去，所以深得苗人的拥戴。但这自然影响到了地方官府和其他土司的利益，无论是地方官府还是其他土司都将杨氏作为眼中钉，欲拔之而后快。但杨应龙对朝廷显得也很忠心，无论是征兵，还是伐木都十分的积极。
杨应龙作为播州宣慰使，虽然身在贵州，但跟四川的关系更紧密，这自然引起贵州巡抚叶梦熊的不快。叶梦熊是个喜欢无事生非的主，他劾杨应龙“二十四大罪状”，涉及杨应龙用阉宦、造宫室、穿蟒袍、没收土司田地，实际上这些弹劾大都无中生有，或者鸡毛蒜皮。
叶梦熊弹劾杨应龙的奏章到了朝廷，众人正讨论是否对杨应龙提请堪问，四川巡抚李化龙上疏暂免堪问，就这样李化龙暂时将杨应龙保了下来。
杨应龙有一妾田氏，田氏跟应龙的正室张氏不合，便诬蔑张氏跟人有奸情，杨应龙信以为真，便杀了张氏。张家在播州也属于土司旺族，张家人将杨应龙告到了贵州巡抚衙门，说杨应龙谋反。杨家与张家积怨已久，此次杀妻事件不过是这种积怨的一种爆发而已。
这种机遇对叶梦熊来说是可遇而不可求的，他再次请求朝廷对杨应龙进行堪问，朝廷让杨应龙选择去四川或贵州听堪，杨当然选择去四川。杨应龙来到四川省府治所重庆，在那里，杨应龙对情况进行了陈述，四川方面让杨应龙交两万两银子赎罪，另外带兵5000去朝鲜平倭，但杨应龙带兵走到半路上，朝鲜第一阶段的战争已经结束了。
万历二十一年（1593年）四川巡抚李化龙去职，继任者王继光对杨应龙采取强硬态度，从此川黔两省对杨的态度空前一致，杨应龙的末日似乎将要来临。王继光重提要杨应龙去重庆堪问，此时政治气候已经转变，杨应龙当然不会前往。王继光便派总兵刘承嗣、参将郭成统兵三千前往进剿，官兵被杨应龙围困在板桥至娄山关之间的白石口，官兵死伤过半。
这是帝国第一次对播州发兵，三千人如何能进击数万能征善战的播州兵，他们所需要的只是一个开战的借口，帝国终是被这些文官绑上战车。
消息传来，万历震怒，皇帝免去王继光四川巡抚一职。接着，任命南京兵部侍郎邢玠为川黔总督去处理此事。邢玠既来四川，便命重庆知府王士琦前往安稳审问杨应龙。杨应龙命其弟杨兆龙在安稳城外跪迎。最后判决杨应龙交四万两罚金以资助伐木，将杀害官兵的黄元、阿羔、阿苗验明正身以抵杨应龙死罪，革去杨应龙播州宣慰使一职，以其长子杨朝栋代理播州宣慰使一职，将其次子杨可栋羁押重庆为人质以讨要罚金。不久之后，杨应龙次子杨可栋被重庆地方折磨致死，重庆当局让杨应龙将罚金交起，否则不允许其领取尸体。到了此刻，帝国与杨氏家族之间再也无法挽回，也许这些正是地方当局所要的结果。
失去次子的杨应龙将怒火都发泄到其他土司身上，他认为是这些土司经年累月的挑拨才导致其子丧生，从万历二十四年起，杨应龙派兵袭掠余庆、大呼、都坝、草塘、兴隆、都匀、黄平、重安、江津、洪头、高坪、新村，乃至侵扰湖广48屯。一方面杨应龙在发泄着他的不满，另一方面被袭扰的地方大都是播州故土，只是被朝廷强行划给其他土司。但此时朝鲜问题还没有解决，另外，杨应龙的矛头只是对准其他土司，并没有主动挑衅官军，所以朝廷仍处在观察阶段。
万历二十七年（1599年），贵州巡抚江东之让都司杨国柱、指挥李廷栋率三千兵攻打杨应龙，这次又是肉包子打狗一去不回。三千士兵连同杨、李二人在内被播州兵围困飞练堡，全部战死，无一生还。贵州的败报再次传入京城，万历免去江东之的贵州巡抚一职，由郭子章接任。此时朝鲜的战事已经结束，万历皇帝打算解决播州问题。
万历二十八年（1600年）二月，大军征调完毕，南京兵部右侍郎李化龙持尚方宝剑节制川、黔、湖广三省军务，坐镇重庆主持平播事宜，万历皇帝征调了九个省共二十四万大军，以各地辅兵和西南土司兵为主，由各地战兵带领从八面直向播州扑来。整个帝国的精英云集川黔，刘铤出綦江，马礼英出南川，吴广出合江，曹希彬出永宁，童元镇出乌江，朱鹤龄出沙溪，李应祥出兴隆卫，陈璘出白泥，看这阵势大有彻底踏平播州之势。
播州地势险峻，只有北面一条路是出口，通往外界的道路上有两道天险，分别是綦江和娄山关。为了占据主动，杨应龙在大兵合围前攻陷了綦江城，杨应龙杀光了城内的军士和百姓，满城鲜血的綦江城告诉我们这一切很快就会在播州上演。时间一日一日的流走，巨大的阴影就像满天的乌云一样压来，压的播州这个地方每个人的心头沉甸甸的。
杨应龙长子杨朝栋率领数万苗兵镇守綦江。刘铤本是名将刘显后人，长期作为四川总兵镇守西南，在苗人心目中有极高的威望。听闻前方带头大将是刘铤，苗人皆无底气与其硬拚。二月十五日，綦江一战下来，苗兵四处逃窜，朝栋几乎被俘，杨朝栋收拢散兵又重新布防娄山关。刘铤的大军直向娄山关逼来，沿途的苗寨尽皆被官军屠戮，所有的苗民同仇敌忾纷纷前往娄山关拒敌，整座整座寨子的小孩也都被组织起来上战场。
在官军的猛烈攻击下，眼看娄山关也无法拒守，所有人便退居最后一道防线海龙囤，杨应龙的帅府就建在上面。这海龙囤有数百年的历史，是杨家认为能够保命的地方，他的地势非常高，海龙囤沿路的阶梯陡峭到需要徒手攀爬才能够上去。
万历二十八年三月中旬，八路大军已经合围海龙囤，播州兵全部集中在海龙囤，苗人不分男女老幼皆上阵助防。官兵在通往海龙囤的路上修建了堡垒，采取步步推进的战术，海龙囤上的一道道防线都被刘铤、马礼英攻破。六月底，刘铤带人从海龙囤的后山崖用绳索攀登了上来，海龙囤的前方也被马礼英攻破，众苗兵跟官军展开最后的殊死搏斗。杨兆龙战死，杨朝栋被俘，官兵上的囤来，肆意斩杀，十几岁的孩童也慷慨赴死，整个海龙囤上血流成河，成了人间地狱。杨应龙点燃了王宫，跟自己的侍妾自焚而死。仅剩幼子杨奉禄被一侍女所救，从后山崖上逃脱。
整场播州会战历时一百余天，官军斩首二万五千具，俘获一千余人，杨氏家族被俘七十余人，杨朝栋等核心人员押赴京城凌迟处死，杨应龙尸体带往京城挫尸，播州余民只剩一二，整寨皆空，田地荒芜，余者皆为老弱病残。播州平后，朝廷将播州一分为二，设遵义府归四川，平越府归贵州，改派流官治理。
宁夏战役和播州战役皆是一个性质，那就是朝廷对于坐拥一方的强者务必赶尽杀绝。另外，古老的世袭制度似乎已经跟这个蓬勃发展的明王朝脱节。无论是土官治理，还是流官治理都不能改变西南少数民族的传统生活方式，而这种流官治理究竟能给西南少民带来多大的福祉还是一个大大的问号。
