明清之际，正当李自成农民军攻入北京推翻明王朝的时候，在沈阳的满洲贵族，利用中原剧变的政治形势，加快入主中原的步伐。清朝摄政王多尔衮打出“救民出水火”的旗号，于顺治元年(公元1644年)四月七日祭天伐明，率领满洲、蒙古八旗大军，九日起行，十三日到辽河。此时，奉命回师勤王的宁远总兵吴三桂至京郊丰润，得知北京陷落的军报即退兵至山海关，并致书多尔衮，乞求清兵入关消灭大顺军。多尔衮复书，以“必封故土，晋为藩王”为条件，诱降吴三桂。二十一日清兵与李自成激战于一片石。次日，清军至山海关，吴三桂出迎，清军入关。大顺军被清军和吴三桂军击败，李白成退军回京后又撤离北京西行。多尔衮封吴三桂为平西王，命他随阿济格、多铎绕道北京，追击李自成军。五月二日，多尔衮率领清军进驻北京城，由于清军打着“为尔复君父仇”的旗号，得到地主阶级和明朝遗臣的拥护，北京局势很快得到正常，官复职，民复业，明朝在北京及近郊的大小衙门，为清统治者所承袭。八月二十日，顺治帝御驾从盛京启程，于九月十九日进北京城，从正阳门入皇宫。当日满汉群臣上表劝进顺治帝定鼎燕京即帝位。
明王朝覆灭以后，在南方的朱姓藩王和南逃的明朝遗臣，先后成立了几个南明小朝廷：在南京，福王朱由崧建立弘光政权；鲁王朱以海监国于绍兴；唐王朱聿键和他的弟弟朱聿分别在福州、广州称帝；桂王朱由榔在肇庆建立永历政权。顺治二年春，清军占领潼关、西安，李自成大顺军的败局已定，多尔衮命多铎率军东转大江南北。四月十三日，清军攻克徐州，南京福王政权一片惊慌，沿江守将不敢迎战。四月十八日，清军兵临扬州城下，督师史可法坚守阵地，加强防御，以挡清军于长江以北。多铎几次致信史可法，劝他开城门投降，史可法复信表示“城存与存，城亡与亡”，严词拒绝。四月二十五日清军炮击城西北隅，城崩塌，清军涌入。史可法自刎不死，要部将史德威用刀砍，史德威痛哭，不敢仰视。清军至，史可法大呼“史可法在此”!多铎又劝其投降，史可法说：“我头可断，而志不可屈。”又说：“扬州百万生灵，既属于尔，当示以宽大，万不可杀。”史可法说完，慷慨就义。史可法死后，在他无畏精神激励下，扬州军民众志成城，同清军展开了激烈的巷战，直到人亡失尽。清军屠城十日，一座有悠久历史的古城毁为废墟。五月九日，清军渡江占领镇江，南京的福王深夜逃往芜湖。五月十五日，多铎率清军进入南京，弘光政权的余部纷纷降清，第一个南明小朝廷宣告灭亡，福王朱由崧被他的臣下刘良佐从芜湖押回南京，作为投降清军的见面礼。清军于六月底攻下常州、无锡直取苏州，七月初杭州不战而得。清军南下，势如破竹，到顺治三年，几个南明政权除在西南的桂王永历政权外，均为清军所灭，清王朝统一全国的局面已经为期不远。
清军在江南屠城，强制汉族人民剃发易服，激起了汉族各阶层人民的反抗斗争，著名的有江阴、昆山、嘉定人民抵抗清军的英勇斗争。
顺治三年至十六年，吴三桂与南下清军一同镇压农民起义军余部。顺治十六年正月，南明永历政权的桂王朱由榔逃奔云南。二月，吴三桂军与清军攻克云南城(今昆明)，桂王逃往缅甸。到康熙元年，吴三桂把桂王朱由榔从缅甸捉回，在云南绞死。至此，南明几个政权全部被灭亡。
清王朝入主中原以后，推行民族压迫政策，强制汉人剃发、易服，以“东来诸王、勋臣、兵丁等无处安置”为由，在北京附近州县大量圈地：强迫大批贫苦汉民充当八旗贵族和兵丁的奴仆。被迫为奴的汉民以逃亡作为反抗斗争的主要形式，各地有大批奴仆逃跑，导致庄田荒芜，圈占的土地成了荒地。因此，清政府制定了严厉的逃人法，还设“兵部督捕衙门”，专门缉捕逃人。被捕获者，轻则鞭百，重则臂上刺字，窝藏者处死，籍没家产。清政府是把关外的农奴制生产方式强制在中原地区推行，严重地破坏了社会生产，加深了民族矛盾。多年以后，满洲贵族也逐步走上封建化的道路，并且推行一系列封建化的政策，社会日趋安定，经济也有所发展。
