杜锡珪任内，军阀混战连绵不断，海军也随波逐流，四分五裂。
1917年7月，护法海军南下广东之后，北洋军阀政府的海军实力所剩无几，人心浮动，一度陷于混乱状态。海军部进行了改组，刘冠雄重任总长，萨镇冰为海疆巡阅使，刘传绶为次长，饶怀文署总司令，林颂庄署第一舰队司令，杜锡珪升任第二舰队司令。
杜锡珪掌管北京政府海军第二舰队期间，正值军阀混战，当时海军粮饷严重匮缺，杜锡珪只得分配各舰必均，是以士卒归心，为之效命。
此间，北洋军阀海军参加了第一次世界大战的军事行动。北洋军阀政府正式对德、奥两国宣战，下令海军扣押在长江流域的德奥战舰与商船。杜锡珪奉命没收了德、奥两国在华的舰船10余艘，俘虏敌舰、巡视海防“居功最多”，而受到北洋政府的表彰。
在中国军阀混战的独特时期，北洋军阀政府所辖的海军，内部纷争频繁，派系相互厮杀，各自依靠实力参与军阀之间的混战。
1918年2月，北洋军阀曹锟、张怀芝等率军向湖南发起进攻。杜锡珪率第二舰队的“楚观”、“江鲲”、“江利”、“江犀”、“江贞”5舰从水路开进，策应陆路攻势。湘桂联军没有海军，处于不利地位。3月16日，北洋军一个团在海军舰炮支援下，攻陷江防要隘城陵矶。18日，北洋军占领岳阳。26日，杜锡珪又率各舰过洞庭湖沿湘江进犯，配合吴佩孚的北洋军第三师占据了长沙，南军不战而退。
1920年直皖两系矛盾激烈，杜锡珪效忠直系，派遣舰艇驻泊江淮与长江各埠，监视皖系与南方革命政府的行动。
1921年8月，“湘鄂之战”爆发，杜锡珪督率6艘战舰协助新任两湖巡阅使的直系军阀头目吴佩孚参战。16日，杜锡珪指挥“建中”、“江元”等舰艇协助吴佩孚的2个旅向驻在鄂西嘉鱼、簰洲、宝塔洲一带的湘军出击。出兵当日，海军攻下白螺矶。28日，杜锡珪又率军舰7艘，护送北洋军4个混成旅，紧跟日本军舰之后，由螺山向岳州上驶。湘军无海军，江防炮兵也很薄弱，又怕开炮误伤日舰，致使北洋军舰船直抵岳阳楼下。当天下午4时，海军舰炮猛轰岳州，南津港铁路等重要设施均被击毁，湘军头领赵恒惕只得落荒而逃，杜锡珪因战功卓著被授勋四位。9月1日，吴佩孚乘“江贞”舰到达岳州，借助英领事的联络，逼迫赵恒惕签订城下之盟，湘军让出了岳州地区。10月，杜锡珪再次被授海军中将。
1922年，直奉战争爆发，杜锡珪部署第二舰队攻奉。但依附于皖系的第一舰队司令林建章以中立自居，号召海军各舰队不参战，与杜对峙。杜为扩大参战海军力量，先派杨砥中为说客，到第一舰队策动“海筹”、“海容”、“永绩”等主力舰参战；失败后，又以闽系“海军不能再分裂“、“大局为重”为词说动萨镇冰。在萨镇冰的鼓动下，三舰终脱离第一舰队归杜锡珪指挥。5月2日杜即派“楚观”、“楚有”、“楚泰”等舰协同三舰北上，开赴秦皇岛炮轰山海关之奉军阵线，切断奉军供应补给线，加速了奉系的失败。杜锡珪因助战有功，于1922年6月升任海军总司令，并被授将军府“瀛威将军”。
1923年4月，被北洋政府免去第一舰队司令的林建章，在皖系钱财资助下，利用海军将士对北洋政府拖欠粮饷的不满，策动“海筹”、“永绩”两舰离青岛南下上海，与正在江南造船修理的“建康”号舰长及造船所所长等联名发出通电反对“武力统一”，反对杜锡珪，拥护林建章为海军领袖，号召各舰来沪会集，并宣布上海“海军领袖处”和海军沪队成立。这就是令人瞩目的“海军沪队独立”事件。
杜锡珪闻悉极为震怒，为进一步协助直系抗击皖系，正当“齐卢战争”进入紧张阶段，杜命令第二舰队沿江而下，并命驻闽厦的海军练习舰队司令杨树庄率舰队北上人吴淞口，以监视林建章海军沪队；同时直接派陆战队协助齐燮元攻击卢永祥，命令舰队炮轰浏河前线卢永祥阵地，加速了皖系卢永祥部溃败。9月21日，又借“海筹”、“永绩”两舰长离舰上岸之际，发动夺舰行动，控制了沪队主力战舰，进而重新夺取“靖安”、“建安”、“辰”、“列”等沪队舰艇，迫使林建章“领袖处”解散，闽系海军重归统一。
后来，卢永祥的江浙联军失败，第一舰队司令周兆瑞被收买，率沪队的“海筹”等舰驶出吴凇口，投奔杜锡珪，林建章随即下野，“海军沪队独立事件“结束。
杜锡珪为缓解海军粮饷、给养不足之困难，亲自赴闽与练习舰队司令杨树庄商讨在福建扩张和建立厦门要港事宜，使长乐、连江、东山、平潭、金门等成为独立的海军势力王国。1923年6月，为了根本解决海军经费问题，练习舰队司令杨树庄力主攻占福建沿海地区收取税款。当时，杨树庄选定了厦门，得到了杜锡珪的默认，其它舰队的部分舰艇及陆战队也暂归杨树庄节制。
1924年9月，第二次直奉战争爆发。吴佩孚在北京组织“讨逆军总司令部”，自任总司令，以杜锡珪、温树德为讨逆军海军正副司令，向奉军反击。杜锡珪虽任“讨逆军”海军总司令，但他没有及时把留于长江攻击卢永祥的海军主力北调。吴佩孚令温树德率渤海舰队在秦皇岛集结，曾2次出击袭扰葫芦岛和营口等地，还准备用军舰护送骑兵在营口登陆奔袭沈阳。但是，沈鸿烈也加强了东北沿海防务，占优势的奉军空军将渤海舰队赶了回去。
10月，冯玉祥回师北京，发动政变，与奉军联合作战，直军主力大部被歼，直系溃败。11月3日，四面楚歌的吴佩孚，乘坐海军部军需司长刘永谦为他准备的“华甲”号运输舰，在“永翔”、“楚豫”、“肇和”等舰陪同下，从塘沽南驶长江，于15日到达南京。此时，段祺瑞以临时执政的名义组成北京政府，由林建章任海军总长，杨树庄出任海军总司令，杜锡珪遂通电辞职。
